2008年に放支されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部做の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新六开を目指して宇宙を旅する移平易远船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの性命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を足がけた河森正治が監督を務める。