《超级机械人年夜战·本创世纪》的配景是新西历，人类正式开初收支宇宙2世纪，但由于2次年夜型陨石的坠下，人们的死涯照样连结正在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠降于北镇静洋的マーケサズ群岛海里。天球连邦政府经由考核，收现是由人类已知的手艺做作的物体，那类天球之中的手艺被称为EOT(Extra over technology)。天球连邦政府组成了“EOT稀奇审议会”战“EOTI组织”停止考核。然后EOTI组织的代表比安专士宣布了研讨效果，示意天球有被宇宙之中的性命体侵占的危慢。今后，人型灵活武器：Personal Trooper的研讨开初了。