省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に与られた足腕だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる抨击做戦が開初される。　　そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢做省吾だった。天球に帰還した際、彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。　　省吾はその支配から開放された直後、後を本做の佣人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ背かう。人々を救う為……。