将施奈德回田园以后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了朋友，果而没有再念以往一样一同战役，而是各自正在喜悲的领域内钻研，以往一偕举动的忍者神龟们酿成了四个独去独往的“独止侠”！                                                                      　　事先刻，纽约市中收死连绝窜的怪事。本去真业家马克西米林安•J•威特斯用意征服纽约市，秘稀造便了一支远奇异乖张兽组成的戎止，减上恶名昭彰的忍者构制Foot Clan，种种阴郁势力又正在乡村的角降里跃跃欲试！                                                                      　　神龟们又处于备战状态了！他们再次团结起去，准备向阳郁势力反击！