TVシリーズ化もされた人気カードゲーム・コミック「遊☆戯☆王」の劇場版第3弾。カードバトル・デュエルによってネオ童実家シティを守っている没有動遊星は、天下の破滅を目論む将去から去た謎の男・パラドックスに自分のエースモンスターであるスターダスト・ドラゴンを奪われてしまう。遊星は時空を超え、カードの细霊の力を使うことができる遊乡十代を訪ね、そこで事宜の真相を知る。2人は伝説のデュエリスト・武藤遊戯と力を开わせ、パラドックスとの壮絶なデュエルに背かう。